Neutral Milk Hotel ảnh hưởng lên các ban nhạc như Arcade Fire, Bon Iver, Beirut, Franz Ferdinand, Bright Eyes,[11] và The Decemberists.[12][13] Các bài hát của họ được hát lại (cover) bởi các nghệ sĩ như Brand New ("Oh Comely"), Matt Pond PA, Eisley ("In The Aeroplane Over The Sea"), The Mountain Goats ("Two Headed Boy"),[14] Andrew Jackson Jihad ("Two Headed Boy") The Dresden Dolls ("Two Headed Boy"), Kevin Devine ("Holland, 1945") và The Flowers of Hell ("Avery Island" / "April 1st").[15]

Ban nhạc còn xuất hiện trong tiểu thuyết Will Grayson, Will Grayson của John Green và David Levithan như ban nhạc yêu thích của một trong những nhân vật chính.